사찰의 연혁은 문헌상으로는 전하는 것이 없는데, 여러 전승에 따르면 1788년 금강산에서 수도한 원담스님이 창건하여 신원사라 하였다고 한다.
이후 한국전쟁으로 인해 소실되고 일부 건물만이 남아 법등(法燈)을 이어왔다고 한다. 이러한 내용은 근래까지 이 지역에 살았던 노인들의
증언으로 알 수 있었으며, 1980년대 건물을 지을 때 땅에서 많은 기와가 출토됨으로써 신뢰를 더한다.

1940년대 묵조(默照)스님이라는 분이 보광사 옛이름인 신원사 강원에서 후학을 지도했다는 내용이 충담스님(1998년 감로사에서 소신공양으로
열반)의 행장에 기록되어 있는 바, 일제강점기에도 신원사로 불려지고 있음을 확인할 수 있었고, 더불어 비교적 규모가 큰 사찰이었음도 확인
할 수 있었다. 이를 뒷받침해 줄만한 유물로는 현재 보광사 경내 관음전 앞에 큰 맷돌이 있어 당시 많은 대중이 수행하고 있었음을 보여주고 있다.

정일스님은 1979년 포교의 원을 세우고 폐허가 된 이곳에 주석하면서 중창불사를 시작하였다. 먼저 1980년 11월 보광사로 개명하였고,
1985년에는 관음전과 요사 신축, 1990년에는 서울 도심의 유일한 비구(比丘) 수행처인 보광선원 신축, 1993년에는 대웅전, 2002년에는
설법전을 신축하여 오늘에 이르고 있다.
이러한 중창불사를 통하여 보광사는 교계 내외에 참선수행도량(參禪修行道場) 및 청정천도도량(淸淨遷度道場)으로의 면모로 정착하게 되었다.
이에 더하여 2015년에 석불지장존상을 모셨으며, 지장천도도량으로의 정립을 노력하고 있다.